kaoriya バージョンの vim で Python インターフェースを使う際に現在は active state の Python が
推奨になっていますが、これを PyJug(http://www.python.jp/Zope/download/pythonjpdist)
あるいはオフィシャルサイト(http://www.python.org/)で配布されている Python に
置き換えてもらえませんか？

Python に限って言えば、 ActiveState のものはそれほど一般には使われていないと思うので。