コンソール版のVim6.2.14をソースからコンパイル。configureオプションは
マルチバイト対応とPythonスクリプト対応あたりをenable、X関係をdisableに
しています。(ごめんなさい。詳細は忘れました。)
screenごしのrxvt上で確認しましたが、screenなしとか、kterm上でも起こります。
今気づきましたが、:でコマンドを入力している途中でEscしても1秒程度遅れます。
動作としては正常なんだと思いますが…。