> FTPとかでは自分のホームディレクトリより上には上がれない仕組みに
> するのが一般的かと思いますがCygwinのSSHにはそういう機能は無いのかもしれません・・・。

一般的じゃないと思うし、そもそも元々のSSH(OpenSSH)にもそんな機能はねーよ。

> CygwinもおそらくUNIXのデフォルトの精神にのっとって

それはCygwinがじゃなくて、NTがだろー。

> 上のフォルダにあがることは阻止できませんが、ユーザー間での情報の漏洩は
> ある程度防げるかもしれません。

ちゃんとNTの設定をすれば完璧に阻止できるっつーの。