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どのマークが付いてるのが一番上にくるといいのですか?

S-s によるソート順は navi2ch-bm-sort-by-state-order で設定
できるので、私はこんな感じにしてます。

(setq navi2ch-bm-sort-by-state-order
(let ((n 0))
(mapcar
'(lambda (x) (cons x (1- (setq n (1+ n)))))
'("% "
"%U" "+U" " U"
"%V" "+V" " V"
"%C" "+C" " C"
"=U" "=V" "=C" "= "
"+ " " "))))