現時点の CVS 版から .tar.gz を作ってみました。
バージョンは 1.6.1-DEV のままです。
http://navi2ch.sourceforge.net/tmp/navi2ch-1.6.1-DEV.tar.gz

autoconf/automake あたりを扱うのははじめてなので
いくつかわからないことがあります。

手許の automake は 2.50 なのですが、問題ないでしょうか?

doc/releng.txt では
automake の直後に make Makefiles するようになっていますが、
./configure しないと make Makefiles できませんでした。
そういうもんですよね?

doc/releng.txt が .tar.gz に入らないのですが、
何か意図があってなのでしょうか?
入れる場合は doc/Makefile.am の EXTRA_DIST に追加、でいいですか?

./configure で指定する Emacs によって doc/navi2ch.info が違います。
navi2ch-1.6.1.tar.gz の doc/navi2ch.info は
Emacs20 で作ったもののようなので、今回も Emacs20 を使っています。
問題ないですか?