今の仕組みだとアプリの配布側に任せきりだからしょうがない。
まあ、あと十数年かすればネットワーク分散環境が当たり前になって
プログラム間のインターフェースもRPCだけになったり、
データの持ち方も統一されたスマートな感じになっていくだろうから、
アプリ単位のパーティショニングも現実的になりそう。

今ならOSXの手法が単純で良いね。Finderからは1アイコンに見えるし。
もちろん撒き散らしたデータの問題はあるけど。