たくさんのファイルを非対話で処理する場合、
batch modeを使うのがいいんでしょうか。
あるディレクトリ以下のファイルを再帰的に探していって、
emacsでテキスト加工したいのです。
ファイルを再帰的に探してemacsに渡すのは、findとかbash
かなんかの**を使うとして、batch modeを使った事例が少
なくてよくわかりません。

たとえば、ファイル中のaaをbbに置換する場合、どのような
関数を書けばいいんでしょうか。

なんでわざわざemacsを使うかといえば、複数行に亘る置換
候補を処理しやすいということと、普段の手による操作の
延長で考えられるからです。