質問でございます。
CVS管理されているファイルを編集すると Makefile.~1.2.~ のような
「ファイル名.~リビジョン.~」というファイルができてしまいます。
普通のバックアップファイルとは少し違うようです。
make-backup-files's value is nil になっています。

これをやめさせたいので、よろしくお願いします。

今はMeadow1.99↓
GNU Emacs 21.1.1 (i386-mingw-nt5.0.2195) of 2003-02-20 on SLEEPY
を使っていますが、
LinuxのEmacs21.??でも同じ現象が起きています。
Emacs20の頃はこんなファイルはできなかったんですが。