emacs21.3 をソースからいれてみました。そしたら、
いままではXで別窓で立ち上がってきたのに、いまではターミナルのなかで
しか立ち上がりません。

ためしに、./configure --with-x11 してみましたが状況がかわりません。
どうしたら、Xの別窓で立ち上げることができますか?