Ver2.8.6使ってるけど、
wxApp::OnUnhandledExceptionのドキュメント見ると、
OnRunをオーバーライドしてそこでキャッチしろって書いてるよ。

int MyApp::OnRun()
{
 try{
  return wxApp::OnRun();
 }
 catch(std::exception &e){
  ...
 }
}