詳細設定 - 「MPlayerのオプション」 - 「オプション」に
-sws 番号
を入れると毎回働くみたい (MPlayerのログで確認した)

入れる番号は、 http://tivo-mplayer.sourceforge.net/docs/mplayer-man.html
の中段に-sws <software scaler type> とありますんで、そちらを

(タイプによっては-vop scaleやらで強さを指定できるみたい)
0を入れると、右クリで毎回手動オンにする奴と同じなのかも知れない

自分は普段フィルター使ってないし、あんまり詳しくないんで
所望のものに該当するか怪しいですけどね