ePSXeをwindow化して窓を閉じても、プロセスは残るのね
タスクマネージャーで確認したら、何個も開いてた

あとFFTが起動しない！と思ってたけど、ただ単に
SQUAREのロゴが出るまで20秒くらい時間がかかるだけでした