...えーっと個人でFreeBSDのipfwつかってますが、
思いつく良いDoS対策というと
ICMPは全面禁止、
UDPは特定のDNSのIPの53から、特定のNTPの123から
TCPはメル鯖等ISPのサーバとproxyだけ許可してあとは全部denyすれば
かな〜り強そうだが...
もっとも信頼できないISP使ってるなら話は別だけどね