えっと、まだ分かりにくいんですがｗ
まず、バスティンは譜読みのためだけのメソッドではないので、
譜読みをするためのもの、という意味が分かりません。
それと、その「一般的な教材」というのはバイエルということですか？
バスティンを終わった後バイエルをやると？
それともインヴェンション？
最初の質問だと、バイエルをすべきかどうかということだったと思いますが。

結論を言えば、どの教材を選択するかどうかに、師弟関係かどうかなど
どうでもいいことです、ということになりますが・・・・
どんな教材を使おうがベートーヴェンはピアノを学習する際に避けて通れない道ですので、
まだ導入期である今頃からあれこれ悩む必要なんてないと思いますよ。
考慮すべきは、教材の作者が師弟関係かどうかより、
生徒さんが興味をもって教材をこなせているかどうかですよ。