$body =~ s/(＞[^;^＞]+);/<font color=blue>$1<\/font>/g;
すいません。わすれてました
でもこれで大丈夫のようです。

なぜか改行はいっても大丈夫（色がかわらない）のですが、なんででしょうか？
べつに変わらなくてよいのでいいんですけども、理由が気になります。