具体的な修正部分は。。

/opt/Apple/Library/WebObjects/JavaApplications/Test.woa/Contents/UNIX/UNIXClassPath.txt

を以下のように修正しました。

修正前：
# JVM == java
# JVMOptions ==
# JDB == jdb
（・・・以下省略）

修正後：
# JVM == /usr/local/jdk1.3.1_02/bin/java　（←ここ！）
# JVMOptions ==
# JDB == jdb

要するにまたクラスパスが通ってなかったということで。。（´д｀；；）ゞ
けど、これで独自のアプリが運用できます！！　住民の皆様、どうもありがとうございました！