私もよくはわからないのですが、HelloWorldをビルドしてできた起動スクリプトを見てみると、

・JAVA_EXECUTABLEはJDB_EXECUTABLEまたはJVM_EXECUTABLEが設定されている
・JDB_EXECUTABLEとJVM_EXECUTABLEはreadHeaderValueというところで読み込まれている

で、どこから読み込まれているのか捜してみたら、どうやらContents/UNIX/UNIXClassPath.txtのようですね。
UNIXClassPath.txtは所定の位置にありますか？壊れていませんか？