Linux自体の起動スクリプト(/etc/rc.local)にはWOに関する設定はしていません
唯一アパッチを自動起動する以下の一行を付け加えたのみです。

/usr/local/apache/bin/apachectl start

WOServicesファイルをいじった覚えがなかったので、調べてみたら
/opt/Apple/Library/WebObjects/Executables/WOServices

にありました。けどこれは手付かずの状態です。

.bash_profileで付け加えた行は以下です。
# User specific environment and startup programs
NEXT_ROOT=/opt/Apple
export NEXT_ROOT
PATH=/usr/local/jdk1.3.1_02/bin:/usr/local/sbin:/usr/sbin:/sbin:$PATH:$HOME/bin

クラスパス自体は、DSOモジュールのビルドやDeploymentのインストール時
に何もいわれなかったのでおそらく大丈夫かと思います。。