call_user_func との絡みは別として，
あるクラスのインスタンスを共有して使いたい時に $GLOBALS を使う例は PEAR にも多々あります．

例えば DB_DataObject は内部で DB クラスのインスタンスを使うんだけど，
$GLOBALS[ '_DB_DataObject_connection' ] みたいのに DB オブジェクトを入れておいて，
DB_DataObject クラスの各インスタンスから共通で使用したりしてます．

ただ，$GLOBALS の乱用はコードを超見にくくするので，
上記のように特殊かつ限定された利用法に留めるのがよろしいかと．