なんでもくそもないだろ。XSSになるぐらいならその方がマシだって話だ。

>そのシステムでHTMLを使って表示しないAndroidやiOSのアプリを開発しなければいけなくなったら、

そんなケースあるか？
常に「こうだったら」「あーだったら」ってお前のように心配事繰り返すなら、
そもそも最初からやればリスクは減るよねってことだ