どうですかね、一応簡単にですけど文書構造はこんな感じです
<!doctype html>
<html><!-- InstanceBegin template="/Templates/base.dwt.php" codeOutsideHTMLIsLocked="false" -->
<head>
<meta charset="UTF-8">
<!-- InstanceBeginEditable name="doctitle" -->
<title></title>
<!-- InstanceEndEditable -->
<style type="text/css">
</style>
<link href="main.css" rel="stylesheet" type="text/css">
<!-- InstanceBeginEditable name="head" -->
<!-- InstanceEndEditable -->
</head>
<body>
<div class="basic" id="header">
</div>
<div id="navi">
<ul>
<li><a href="main.php">〜〜〜</a></li>
　　　　　　　　　・
　　　　　　　　　・
　　　　　　　　　・
</ul>
</div>
<!-- InstanceBeginEditable name="contents" -->
<?php
なんか
?>
</body>
なにか問題ありそうですかね？