ちなみにIdentityもMySQL環境のバグがもう上がってた
安定最新版のConnector for .net 6.8.3ではバグを踏む

http://dev.mysql.com/doc/relnotes/connector-net/en/connector-net-news-6-8-4.html

During migrations with ASP.NET Identity 1.0 in Visual Studio,
the code generator did not generate the indexes and foreign keys in the Up() class.

こういうDB依存のバグがあるのはIdentityでも変わらないよ
DBを切り替えようとすると動かなくなったりする