Drupal は index.php から、いろいろなモジュールを読み込んだり、各モジュールのコールバック関数を呼び出す仕組みだから、
既存のシステムをいれこむのは厳しいというか、モジュールとして一から作り直すぐらいの労力が必要だと思う。
別のディレクトリに置くなどして、相互にリンクするのはもちろん可能だけど。