$value["id"] の参照コスト > $id の参照コスト
上記の3回分と $id = $value["id"] の代入コストを比べると
代入したほうが早いんだろう

ちなみに "id" より 'id' のほうが早い

おれは1行が横に長くなるのがいやなので、
一旦 $id = $value['id'] で代入する派