連番の管理程度ならファイルで十分
ちゃんとロックして整合性保たせることだけ注意

>アップロードを受け付けた時点のmicrotimeにsalt加えたものをハッシュ化したものを名前にする
この手法じゃそもそもいらないけどね

サーバ側に同名のファイル名があったら
なんか適当な文字を加えてリネームする
ってのを重複しないまで繰り返すとか

まぁ方法はいろいろあるがとりあえずクライアント任せにはしない