1. 消したいマイグレーションの *1つ前* のバージョンを指定して
rake db:migrate VERSION=指定
2. 消したいマイグレーションファイルを消す
3. (あれば)残りのマイグレーションを rake db:migrate で実施

なお、開発中ならデータベースごと削除して、消したいマイグレーション
だけ取り除いてもう一度rake db:migrateしてしまうのが簡単。