てかもともとperlってUNIXのスクリプト言語だったわけでしょ
それをあとからCGIに便利だなぁ〜ってことでwebに利用されてきたわけだから
Web関係として付け足し感がして仕方がない
例えばuse CGI;とかメール送信にphpだったらmail関数一発だけどphpはメールのフォーマット通りにsendmailに送ってあげなきゃいけないとかPOSTやGETで送られたデーターをPHPだと$_POST['hoge']って簡単に取れるけどperlはuse CGI;しても少し面倒


強力なライブラリーで何とかなるけど極端な話#!/bin/shでCGI書く人いないでしょ

あとmod_perlってあまり使われなくて基本CGIだし

rubyとpythonは知名度が少し負ける（これだけで言語の優劣は決まらないけど）

javaはスクリプト言語じゃないしちょっとしたもの書くのには基本使わない（対応レンサバ少ないし）

海外のフリーのレンサバはCGI使えなくてPHPだけとかザラ


使い分けるなら
Perlはcronで回す処理を書くときとかUNIXのシェルスクリプトとして
Javaは強固である必要があるとき
RubyとPyhtonはお好みにあわせて
で残った大勢はPHPで書くと