クラス名が長くなるって言うけどPHP5.3以上なら
namespaceとautoload使えば割とスマートに解決できると思うんだけど。

spl_autoload_register(function($class) {
　require_once str_replace('\\', '/', $class_name.'.php');
});
みたいなautoloadを登録して

./lib/Foo/Bar/Hoge.phpに
<?php
namespace Foo/Bar;
class Hoge {
}
って宣言しておけばおk

後は./lib/にだけパス通していれば
$hoge = new \Foo\Bar\Hoge;
とかでHogeクラスが必要になった時に自動で
ファイルの探索とインクルードをやってくれる。

こういうルールが言語や公式でしっかり推奨/強制されていないから
ユーザ様がいちいち実装しなきゃいけないのはカスだよねとか
そのせいで各ユーザが好き勝手に作って目も当てられないほど
収拾がつかなくなってるよね、などの指摘ならば当たってると思う。