includeパスがうんにゃらは他の言語でも環境変数とか使ってるから同じじゃね?
virtualserver毎に切り替えられる=プロダクト毎に変更出来る
って便利だと思うけどjdkではどうやるんだべ

autoloadってパス関係無いんじゃ・・
find、grep使ってクラスを定義してるファイルをシステムから見つけてきてそれrequireするautoload関数作ればー?
perlみたくクラス名=ディレクトリ名みたいな実装が多いけど、そうで無くても良いのよ?

っつー自由度がくそ言語な理由なんだろうけどさ
ガチガチ言語は好かん