フレームワークなんか見ればわかるけど普通にpublic_html下にベタ書きするぞ
まあ上に置けるなら置けばいいけど
ちゃんと鯖側で設定してるのが大前提だし気にする必要はないのではないか？
きちんと設定していないという状況がもうアウトなわけで
その設定できてないことに対する予防措置をとろうとするのはどうかと思うわ