1.3時代からいじっていないから何か違うかもしれないが

>bootstrap.phpは必須か？
bootstrapは、起動時の設定をまとめたりしてるもんなんで必須なはず

おまいさんのスキルが見えないので余計なアドバイスかもしれないがとりあえず、CAKE_CORE_INCLUDE_PATHの内容を調べてみてどうよ？