index.phpからcakeにアクセスするだけじゃなくて、
別名を付けたファイル名からアクセスしたい場合、
ファイル内に $_GET['url'] = '/user/index'　みたいに書けば良いだけですかね？
表向きはピュアPHPみたいなURLにしたいです。