回答じゃないが
$chk なんていらない。　二回もまわしてて変だし。
<?= $row['seq'] == $value ? '"checked"' : '' ?>　でいいだろ。

そもそも
if($value == $row[seq]){
$chk[$row[seq]] = 'checked'
}
も　ループの中にいらないし
$chk[$value] = 'checked' でしかない。