↑の877です。
ソースが間違えてました。

$module ='/パス/bin';
$param ='param';

$command =$module.' param='.$param;
$handle =popen( $command.' 2>&1', 'r' );
$input =fgets($handle);
die ( strval( $input ) );

"定義ファイルが読み込めませんでした"という趣旨の文字列が帰ってきます。
しかし、shellで直打ちするきちんと実行できます。
どんなヒントでも結構です。
よろしくおねがいします。