>>673
勘違いではないです。

sites/サイトA/themes に、あるテーマを(テーマA)入れて、そのサイトにログインして
テーマAを有効にして、その後、デフォルトサイト（サイトB）にログインして、他の
テーマを有効にすると、サイトAで有効にしたテーマAが無効に設定されてしまうんです。
多分、サイトAとサイトBがデータベースを共有しているから、あとから設定した内容で
上書きされてるんではないかと思うんですが。

sites/all/themes にテーマをいれて、全てのサイトでテーマを共用すれば問題は
おきないのですが、それだと、一体　sites/サイトA/themes は何のためにあるの
かという話になってしまうので。　こういう現象は、テーマだけではなくて、モジュール
でもおきます。