if ($path != '')

これでもやってます
だけどMy Moduleだけじゃなく他のモジュールにチェックを付けても
Saveされません。Saveボタンを押すと
/?q=admin/modules/list/confirm
になり、404エラーが返ります。

何度も言いますがurlがindex.php?q=にならないので設定できないのです。