threadedでツリー構造のデータのうち、
親IDを削除したら子IDも削除されるようにしたいのですが、
Cakeの機能だけで削除できるのでしょうか？

やはり、一旦threadedでデータを取得して
1つずつ再帰して削除するしかないのでしょうか？