その場合は、Messageモデルのhasmanyの定義にorderを書く。

それが嫌な場合はページネートにjoin句を書く。

$this->paginate = array(
Thread=> array(
'conditions' => array(),
'limit' => 24,
'order' => array(),
'joins' => array(
    array(
                        'type' => 'LEFT',
                         'alias' => 'Message
                         'table' => ''messages',
'Message.created' => 'desc'
)

))
);