Cakeの構成で違和感があるとすれば、app以下のディレクトリ構造だな。
Userと言うモデルがあったとして、それぞれmodels、controllers、views
に入れないと行けない。viewsに関してはディレクトリを作成して。

一つのディレクトリ内にまとめて
/app
/user
└controller.php
└model.php
└index.ctp
└form.ctp

でもいい気がする。ビューが増えるならviewディレクトリ作って入れるとか。
こうすればFTPで転送する時、userディレクトリだけで良いし。