PHPの場合、mod_phpで使う事が前提で、ファイルインクルードだとかのロードタイムが無視できないんだよね。
最近流行のソーシャルゲームみたいなサイトだと。
他の言語だとmod_perlだとかFastCGIだとかPassengerだとかで、複雑なクラス構成のアプリケーションでもいったん立ち上げてしまえば高速に動かせるアプリケーションサーバ環境があるけど。
まあ、フレームワーク以外にも、SQLを見なおすとかコーディングレベルで改善出来る余地がある場合も多いけど。