URLからindex.php消すために.htaccessを設置しているんですが、
ローカルではうまくいくのに、さくらインターネットにアップロードすると
トップページは表示されるものの、コントローラなどがInternal Sever Errorになってしまいます。

ローカルの設置場所：
DOCUMENT_ROOT/example.com/

さくらインターネットの設置場所：
DOCUMENT_ROOT/example.com/
（/home/USERNAME/www/example.com/）

上記の「example.com」がアプリケーションのディレクトリ（protectedなどがあるもの）です。
htaccessの内容は、

RewriteEngine on
RewriteBase /example.com
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteRule . index.php

こうなっています。
ドキュメントルートからの構成は同じで、
ローカルではちゃんと表示されているんですが・・・