paginatorが見てるところが違ったな、$this->paramsじゃなくて$this->passedArgsだった

if (isset($this->passedArgs['sort'])) {
if ($this->passedArgs['sort'] === 'user_id') {
$this->passedArgs['sort'] = 'User.id';
}
}

これで動いた

っていうか>>289は他のテーブルのカラムでソートしたいのか？