PearのMDB2でプレースホルダーを使っているのですが、
このMDB2のプレースホルダーは、
?（ハテナマーク）を指定して使う事しか出来ないのでしょうか？

抽出条件として複数の物をセットしなくてはならない場合だと、

SELECT * FROM TEST_TABLE
WHERE USER_ID = @USER_ID

SET_PARAM(@USER_ID , '12345');

といった風な記述が出来れば可読性も高くなると思うのですが。
確か、PDO経由の場合にはこういった使い方が出来ました。