自分でフラグ用ファイル作ればいいんじゃないの？
初心者の洞察でスマンが

とあるプロセス
my $flagfile="locked";
while(!do{ open my $fh,">",$flagfile; close $fh; }) {}
# ファイル処理
unlink $locked;

別のプロセス
my $flagfile="locked";
while (-e $flagfile) {}
# ファイル処理