>>169
読み込みと書き込みの間でトランザクションが途切れているのが不整合の原因

$f = fopen('file', 'r+');
if (!flock($f, LOCK_EX)) die 'ロックできなかった';
/* ここで読み込み＆書き込み */
fclose($f);

flock($f, LOCK_UN) は書き込みバッファの関係上、理由がなければ使わない
flock()自体はシステムコールのflock(),fcntl(),LockFileEx()を呼んでるだけなので
よっぽど古いファイルシステムや処理系じゃなきゃ信頼していい