説明不足ですみません
アクセスはまんべんなくくるので、キャッシュを減らすわけにもいかず、
キャッシュファイルの数はどうしても万単位になってしまうのです
http://soudan1.biglobe.ne.jp/qa4019431.html
この辺によると、やはり同一ディレクトリには10k〜15kくらいのファイル数に
納めることが理想のようです

自分の場合は容量は特に問題ないので、ディレクトリで分けようと思っています。
cakeでは
app/tmp/cache/view/test_read.cgi_php_1268874059.php
という感じのファイルが生成されますが、これを
app/tmp/cache/view/test/read.cgi/php/1268874059.php
みたいな感じで生成する方法はデフォルトで用意されているのでしょうか？