$row['box']に何が入っているのかわからないけど、

$data[$row['name']][] = $row['box'];
→ $data[$row['name']][] = $row;

echo ' <a href="test.php?id='.$row['id'].'">'.$bon."</a>";
→ echo ' <a href="test.php?id='.$bon['id'].'">'.$bon['name']."</a>";

じゃない？
多次元配列で混乱してるんだと思う。