あるモジュールにtemplate_preprocess_hogehogeという部分があってそこの機能を拡張したい場合は
自分が使っているテーマのディレクトリにあるtemplate.phpにphptemplate_preprocess_hogehogeというのを
作ってそこでゴニョゴニョすればいいんでしょうか？