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function call_func($func_number){
　require_once('func' . $func_number . '.php');
　$result = func();
　// おぞましい黒魔法でfunc()の定義を削除
　return $result;
}
黒魔法の詳細は
ttp://jp2.php.net/manual/ja/function.runkit-function-remove.php
引数以外のもの（環境変数などのスーパーグローバルなど、関数からアクセスできるもの）で処理を分けるなら、勿論それでもいい。
まあ、オススメできない。俺なら、func1 - func9で定義される関数func()には別名を使っておく。
そうすりゃ、衝突を気にしなくていいからな。

OOP的なプログラム構造にするなら、まずメソッドfunc()を持つ別個のクラスを10個用意する。
で、上記call_func()は、直接結果を返すのではなく、引数などに応じて適切なファイルをrequireしてクラスのインスタンスを返す。
呼び出し側は$obj->func()を呼べば、望む結果が得られる。

メモリ消費を気にするなら、そもそも16,000なんて大きさの配列を作るべきではない。
毎回16,000個の変数を全部使う、ってんなら話は別だけどな。