>>300
自己解決。
いや、解決してないけど。

debパッケージ版のソースと見比べたら、
php_filter_validate_email内の正規表現が変わっていました。

実際に両者の正規表現で直接マッチするか試したら、
5.2.10のソース版の方だけ'test..@example.jp'がマッチすることを確認できました。

Cはよくわからないのでこれ以上追えませんでしたが。